有感於南投地區人口老化、地廣人稀，原鄉偏鄉就醫不便，「彰化基督教醫療財團法人」董事會本著「以耶穌基督教救世博愛之精神，宣揚福音，服務世人」之宗旨，設立「彰化基督教醫療財團法人南投基督教醫院」，積極投入臨近社區、偏鄉、原鄉醫療資源不足地區之預防醫療及衛生保健服務，以深化並落實醫療社區化，完善醫療服務，致力提供民眾所需之急重症及慢性醫療服務，讓南投縣民擁有更優質的醫療服務。

　　本院於2019年10月納入彰基體系，正式成為【彰化基督教醫療財團法人南投基督教醫】的經營醫療團隊，設有急性一般病床150床、加護病房10床、手術室3間、血液透析床30床、21個次專科與完善之中、西醫診療區，以及24小時全天候急診，服務外科、骨科、內科、外傷科緊急醫療診治；同時提供24小時骨科手術、緊急洗腎服務；以及各項慢性疾病醫療照護。

　　為落實在地醫療，滿足民眾醫療需求，擁有醫學中心級智能加護病房，及重照護品質且舒適感優、視野佳之新病房，病房採用智能消防自動排煙與高規格消防防火設備提供安全環境；將持續深化醫療照護能力，也結合醫學中心醫療資源，提升醫療品質，深耕社區。

　　一步一腳印 守護原鄉偏鄉 秉持著「走入社區、在地南基」的精神，南投基督教醫院將醫療延伸至信義鄉，全院同心走遍信義鄉14個部落，舉辦四癌篩檢與預防保健事工同時積極參與中寮鄉社區活動，安排骨科、中醫健康列車開進中寮鄉每個角落，並設有長照C據點、失智據點；在院出院準備則連結居家護理所提供居家復能、居家換管到宅服務，朝向建立大南投地區醫療保健的標竿邁進。

　　除現有完善醫療設備，包括192切低劑量高解析4D電腦斷層、腎臟鏡微創碎石、腦波監測儀、高解析心臟超音波檢查儀、高解析乳房攝影機、高解析乳房超音波檢查儀、骨質密度檢查儀、數位透視攝影機..等，109年6月引進新型體外震波碎石儀，4D精準鎖定結石位置，無需麻醉或止痛提供患者更優質檢查儀器；未來也將持續導入多項醫學中心等級設施，如：眼科視網膜光學斷層掃描儀、白內障超音波晶體乳化儀等設備，及骨外科、泌尿科及眼科等之手術器械設施等，提供鄉親更高品質的服務。

南投基督教醫院目標：
　◆秉持耶穌基督救世博愛之精神、宣揚福音
　◆落實在地醫療，深化醫療能力，提升醫療品質。
　◆深耕偏鄉與原鄉，肩負守護偏鄉原鄉醫療照護使命。
　◆推動健促與預防保健，提升員工與社區民眾健康識能。
　◆招聘培訓醫護專業人才、善盡社會責任，永續經營(CSI)。